ハイエンドDTPではそうかもしれないけれど

ネイティブ入稿とPDF入稿_20120704 - Togetter
完全データ入稿が前提の印刷通販ではPDF入稿を嫌う理由が見つからないです。私個人も累計で少なくとも5千件超はPDFデータを下版しましたが、入稿フォーマットに由来するクレームが生じたことは記憶に無いです。とくに弊社の出力がPDF/X-4に対応してからは出力エラーは皆無です。懸念をされている方々は入稿者として複数の印刷会社を使われる立場の方でしょう。逆説的にいうと現時点でサイトにPDF入稿に対する記載がない印刷通販会社は信頼できないと思います。

追記

InDesign→PDF/X-1aでトラブルがあったのを思い出しました。それ以降InDesignで出力されたPDF/X-1aはマニュアルに従い処理しています。